До революции эти места облюбовали дачники, благодаря близости к столице, наличию железнодорожной станции и заповедного лесного массива – «Лосиного Острова» (один из первых дачных поселков был так и назван – Лосиноостровским). К 1925 году он разросся, получил статус города и стал называться Лосиноостровском. В конце 1930-х Лосиноостровск был переименован в Бабушкин в честь родившегося и выросшего в этих местах полярного летчика Михаила Бабушкина. Город Бабушкин вошел в состав Москвы в 1960 году.
История района неразрывно связана с Ярославской железной дорогой. Изначально она проектировалась для сообщения между Москвой и Сергиевым Посадом – местом паломничества в Троице-Сергиеву лавру. В 1893 году появилась станция «10-я верста» вблизи популярных тогда дачных поселков Лосиноостровского, Дубняков, Красной Сосны, Торговых Служащих. Впоследствии станцию переименовали в «Лосиноостровскую». В наши дни «Лосиноостровская» – крупный железнодорожный узел Ярославского направления Московской железной дороги с пассажирской и сортировочной частями.
Старое здание «дачного» деревянного вокзала не сохранилось, но осталось несколько более поздних построек. Четыре здания на территории станции недавно включены в список культурного наследия: водоемная башня, дорожная поликлиника (бывший кондукторский резерв) и две стрелочные будки.
Сейчас Бабушкинский – один из самых благоустроенных и зеленых районов Москвы, где проживает около 90 тысяч человек. Основное место отдыха в районе – зеленая зона в пойме Яузы. Национальный парк «Лосиный Остров» находится у восточной границы района, за железной дорогой и Ярославским шоссе.